益智干燥果实呈纺锤形或椭圆形，长1.5～2厘米，直径1～12厘米。外皮红棕色至灰棒色，有纵向断续状的隆起线13～18条。皮薄而稍韧，与种子紧贴。种子集结成团，分3瓣，中有薄膜相隔，每瓣有种子6～11粒。种子呈不规则扁圆形，略有钝棱，直径约3毫米，厚约1.5毫米，表面灰褐色或灰黄色;种脐位于腹面的中央，微凹陷，自种脐至背面的合点处，有一条沟状种脊;破开后里面为白色，粉性，臭特殊，味辛微苦。
假种皮薄壁细胞有时残存。种皮表皮细胞类圆形、类方形或长方形，略径向延长，壁较厚;下皮为1 列薄壁细胞，含黄棕色物;油细胞1 列，类方形或长方形，含黄色油滴;
色素层为数列黄棕色细胞，其间散有较大的类圆形油细胞1～3列，含黄色油滴;内种皮为1 列栅状厚壁细胞，黄棕色或红棕色，内壁与侧壁极厚，胞腔小，内含硅质块。外胚乳细胞充满细小淀粉粒集结成的淀粉团。内胚乳细胞含糊粉粒及脂肪油滴。粉末黄棕色。种皮表皮细胞表面观呈长条形，直径约至29μm ，壁稍厚，常与下皮细胞上下层垂直排列。色素层细胞皱缩，界限不清楚，含红棕色或深棕色物，常碎裂成不规则色素块。油细胞类方形、长方形，或散列于色素层细胞间。内种皮厚壁细胞黄棕色或棕色，表面观多角形，壁厚，非木化，胞腔内含硅质块;断面观细胞1 列，栅状，内壁及侧壁极厚，胞腔偏外侧，内含硅质块。外胚乳细胞充满细小淀粉粒集结成的淀粉团。内胚乳细胞含糊粉粒及脂肪油滴。
